Marco má na svém kontě 36 vítězných etap (první v roce 1994 na Giru a poslední v roce 2000 na TdF). V roce 1995 skončil třetí na MS v silniční cyklistice v kolumbijském městě Duitama. Nedlouho po tomto úspěchu měl Marco těžkou havárii ve sjezdu z Pino Torinese v závodě Milán-Turín a utrpěl těžkou frakturu levé nohy. Po dlouhé rekonvalescenci konečně v roce 1997 opět stanul na startu Gira, ale smůla se mu opět lepila na paty, znovu havaroval a závod vzdal.
V roce 1998 se Pantani brilantně vrátil a podařilo se mu jako jedinému italovi od éry legendárního Fausta Coppiho v padesátých letech získat „double“, tj. zvítězit na Giru a na Tour de France v témže roce. Subtilní Pantani se okamžitě stal miláčkem celé Itálie, všichni obdivovali jeho agresivní pojetí jízdy v horách. Díky své vizáži (holá hlava, šátek a náušnice) si vysloužil přezdívku PIRÁT. Celkem 6x byl oblečen do Maillot Jaune (žlutého trikotu na TdF) a 14x do Maglia Rosa (růžového trikotu) na Giru.
Zbývaly 2 dny a Pantani jedoucí v růžovém mohl znovu stanout na stupních vítězů Gira, psal se rok 1999, jenže mu byl nalezen vysoký obsah hematokritu (červených krvinek) v krvi a byl ze závodu vyloučen, tento moment byl pro Pantaniho kariéru zlomovým, který naneštěstí skončil jeho smrtí v hotelovém pokoji na Rimini. V roce 2000 Pantani obdržel rozsudek znějící na 3 měsíční vězení za vysoký podíl hematokritu, proti čemuž se odvolal. Posléze mu nikdy nebyla vina prokázána. Dalším hřebíčkem do rakve byl 6 měsíční distanc od cyklistické federace UCI za nález injekčních stříkaček se stopami inzulínu v hotelovém pokoji v San Remu během Gira.
Po těchto kauzách měl Marco nevydařené sezóny 2002 a 2003, i když na Giru se mu podařil comeback a skončil na 14. příčce. Poté k nám již pouze probleskovaly zprávy o Pantaniho depresivních stavech, ze kterých se léčil na klinice poblíž Padova. Po opuštění kliniky se svěřil lokálnímu plátku na Rimini, že pro něho cyklistika již není prioritou, rovněž připustil, že přibral 15 kg.
Pantani byl nalezen mrtev 14. února 2004 v hotelovém pokoji.
